¿Qué problemas pueden tener relación con una disbiosis?

Las alteraciones de la microbiota pueden estar directamente correlacionadas con varios problemas o incluso llegar a estar relacionados con ciertas enfermedades. Uno de los problemas en los que la disbiosis podría jugar un papel importante pueden ser las infecciones por Clostridium difficile, que suelen producir diarreas.

Hay otras enfermedades, principalmente gastrointestinales, que también pueden asociarse (con mayor o menor evidencia y sin que quede muy claro si son parte de la causa o parte de la consecuencia) a disbiosis, como la enfermedad inflamatoria intestinal o el síndrome del intestino irritable. 

También puede estar implicada la microbiota (igualmente sin que quede muy claro si son parte de la causa o parte de la consecuencia) en enfermedades extraintestinales, como algunas respiratorias (asma o alergia) y metabólicas (obesidad).